Berberinhydroklorid används huvudsakligen för behandling av gastroenterit, bakteriell dysenteri och andra intestinala infektioner, konjunktivit, suppurativ otitis media och andra effektiva. Det har också visat sig blockera alfa-receptorer och förhindra arytmi. Det har hämmande effekter på Shigella, Escherichia coli, Staphylococcus aureus, Streptococcus, Salmonella typhi och Amoeba. Kliniskt används den huvudsakligen för tarminfektioner och bacillär dysenteri. Nyligen har denna produkt också visat sig ha arytmiffekter. Berberin har starkt anti-tumöraktivitet in vitro och in vivo och kan inducera B16-celldifferentiering; den har synergistisk effekt med cytarabinhydroklorid in vitro för behandling av tarminfektion, okulär dysenteri och andra tarminfektioner, konjunktivit, suppurativ otitis media är effektiv.
